进入21世纪后，促使柔印得到快速发展的重要原因还在于柔印的绿色环保属性。由于柔印水性油墨不含重金属和极少含有挥发性有机溶剂，因而在食品、药品包装上采用柔印工艺生产出的产品对人体无刺激和伤害。2004年，肯德基、麦当劳中国总部宣布，为了保障人民健康，其汉堡盒、手提袋以及餐盘纸等印刷品都必须从原来的胶印改为柔印。这些品牌商推动了柔性版印刷工艺在标签、纸盒及软包装印刷领域的快速发展。由此契机，上海紫丹印务有限公司的食品包装柔印业务从一台柔印机扩大到一家颇具规模的柔印工厂。在标签印制中，柔印的印后联机功能又得到充分发挥，上光、复合、烘干、烫金 、镭射、压痕、模切、排废、分切等都能在一次走纸过程中全部完成，减少搬运环节，节省作业场地，降低劳动力成本。这些工艺上的优势和投资收益，帮助了柔印的快速发展。主要采用柔印工艺印刷日化和电子产品标签的我国台湾正美集团，已经发展成为在国内外具有多个生产基地的大型印刷集团。
为了进一步开发和扩大柔性版印刷领域，充分发挥柔印的环保作用，中国印协柔印分会于2007年成立了柔性版书报印刷研究会。2008年，上海少儿出版社的儿童读物——《小青蛙报》在上海紫光机械有限公司制造的机组式柔印机上试印成功。2009年，柔印分会内刊《中国柔印》秋季刊部分内文采用柔印水墨印刷。2011年，上海印刷集团旗下上海新华印刷公司响应新闻出版总署将教科书印刷纳入绿色印刷范围的号召，使用机组式宽幅连线折页柔印机在国内外率先试印成功绿色水墨柔印教科书。经过不断的工艺设备优化，截止2017年，上海新华印刷公司已具备年产1000万册绿色水墨柔印教科书的生产能力。
40年来，柔印的承印材料适印范围不断扩大，从塑料薄膜开始扩大至纸张类的不干胶标签、卡纸、墙纸、涂料纸、瓦楞纸板、复合包装纸及瓦楞纸箱面纸预印等，化纤类的编织袋，无纺布的印刷，建筑装潢瓷砖以及书报刊印刷等。柔印的产品质量逐年稳步提高，精细产品印刷质量已媲美凹印和胶印工艺。从地域发展来看，广东、上海、浙江等地的柔印产业规模居全国前列。截至2017年6月30日，中国大陆的机组式柔印机装机量接近2200台。
我国柔性版制版业的发展始于上世纪90年代。当时国内能做柔性版制版业务的公司凤毛麟爪，市场上柔性版制版价格高达1.35元/cm2。1995年，国内第一家专业柔性版制版公司——延中柔性版制版公司在上海成立。同年，马来西亚激光分色集团、德国FLEXICON-AG公司等外资企业也进入中国，分别成立了东洋激光分色柔性版（上海）有限公司和大连福莱柔性版制版有限公司。此后，随着柔印机的大量引进和生产，柔性版制版业务开始迅速发展，从事印前处理的新加坡任氏电脑制版公司和中国台湾的信华精密制版公司也进入上海，深圳英杰、青岛科强达等制版公司像雨后春笋一样发展起来。制版公司的增多，国内外柔性版制版新技术不断引入，柔性版制版水平得到了迅速提高，价格趋于合理，质量也越来越好，迄今为止国内已有数十家专业柔性版制版公司。
此后，柔性版CDI数字激光制版新技术开始替代传统柔性版和传统负片柔性版制版工艺。与传统制版工艺不同的是，数字制版省去负片，在网点印刷方面的表现更加卓越，减少了失真，降低了网点扩大率，大大提高了印刷质量。高清平顶网点等新技术更加促进了柔性版制版技术的进步，激光直接雕刻技术使无接缝柔性版制作成为可能，无接缝印版套筒采用数字激光雕刻，可以实现连续印刷，保证相同图案和线条的连续性，可以印刷连续花纹图案或相同底色的包装纸、壁纸和水印纸。无接缝印版套筒技术的应用，解决了柔性版印刷中的一大技术难题，使柔性版印刷能涉足更广阔的建筑装潢材料等领域。
